無論是自用或公用保稅倉庫，所存放的都是保稅貨物，根據(jù)保稅倉庫管理辦法的第二十九條未經(jīng)海關批準，在保稅倉庫擅自存放非保稅貨物的，會被處于3萬元以下的罰款。從此可見保稅倉庫是不能擅自存放非保稅貨物的。
那么如果不是擅自，而是主動向海關申請存放非保稅貨物是否可以呢。根據(jù)海關總署公告2016年第72號（關于海關特殊監(jiān)管區(qū)域“倉儲貨物按狀態(tài)分類監(jiān)管”有關問題的公告）允許非保稅貨物以非報關方式進入海關特殊監(jiān)管區(qū)域，與保稅貨物集拼、分撥后，實際離境出口或出區(qū)返回境內(nèi)。也就是說只要提出申請就可以在保稅倉庫內(nèi)存放非保稅貨物。
如果企業(yè)要經(jīng)營非保稅貨物，可以經(jīng)由特殊監(jiān)管區(qū)域的管委會向海關提出申請。有一個前提條件，【適用“倉儲貨物按狀態(tài)分類監(jiān)管”制度的區(qū)內(nèi)企業(yè)，應使用計算機倉儲管理系統(tǒng)（wms）；應按照海關規(guī)定的認證方式與海關特殊監(jiān)管區(qū)域信息化輔助管理系統(tǒng)聯(lián)網(wǎng)，向海關報送能夠滿足監(jiān)管要求的相關數(shù)據(jù)。】
同一個倉庫同時存放保稅和非保稅貨物，確實可以為企業(yè)節(jié)省成本。同樣的只要享受了特殊的權利，就要承擔同樣的義務。2022年12月湖南某公用保稅倉庫企業(yè)，應其他企業(yè)和政府相關部門的要求，未向海關申請就在保稅倉庫內(nèi)存放了約500萬元的非保稅貨物。海關在例行核查中發(fā)現(xiàn)上述違規(guī)行為，對企業(yè)進行了處罰。
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